Можно ли настроить импорт от лица агентской учетной записи?

Можно. Для этого после предоставления доступа от имени учетной записи агентства нужно выбрать аккаунт клиента из выпадающего списка.
Импорт будет использовать только данные о кампаниях доступных выбранному клиенту.